林木種質資源是國家的重要戰略資源，是遺傳多樣性和物種多樣性的基礎，關系到國家的生態安全和經濟社會的可持續發展，同時也是國家科技體系建設及科技創新的一項重要保障。多年來，我院始終高度重視林木種質資源收集保存工作，不斷加強國家林木種質資源庫的建設與管理，科學制定保護利用規劃，重點加強重要鄉土樹種、珍貴樹種、經濟樹種、沙生植物、名特花卉的種質資源的收集、保護、研究和利用，為建設我國林木種質資源保護和評價利用作出了巨大貢獻。目前，我院共有10個國家林木種質資源庫，分別是中國林科院熱帶林業實驗中心熱帶與南亞熱帶珍貴樹種國家林木種質資源庫，中國林科院亞熱帶林業實驗中心亞熱帶林木國家林木種質資源庫，中國林科院沙漠林業實驗中心沙棘國家林木種質資源庫，中國林科院華北林業實驗中心華北地區代表性植物國家林木種質資源庫，中國林科院亞熱帶林業研究所山茶、木蘭國家林木種質資源庫，中國林科院熱帶林業研究所試驗站熱帶珍貴樹種國家林木種質資源庫，國家林草局泡桐中心北方主要名優經濟樹種國家林木種質資源庫，中國林科院林業研究所綠化樹種國家林木種質資源庫，中國林科院林業研究所濱?？鼓鏄浞N國家林木種質資源庫，中國林科院林業研究所古巴加勒比松國家林木種質資源庫。

林木良種基地建設是提高林木遺傳增益的基礎性工作，是提高林木種苗質量的重要保證，是林木種質資源收集、保存和利用重要載體，是為生態建設提供優良種苗的重要保障。我院高度重視國家重點林木良種基地的建設與管理，不斷提高基地的經營管理水平和良種產量，為推進我國林木良種化進程作出了重要貢獻。目前，我院共有3個國家重點林木良種基地，分別是中國林科院亞熱帶林業實驗中心國家重點油茶良種基地，中國林業科學研究院憑祥國家西南樺、柚木良種基地，中國林業科學研究院湛江國家桉樹良種基地。